西元1999年，一顆不知名的大型「隕石」墜落地球。後來的調查證實，這確實是外星人，世界上一些最強大的國家不得不掩蓋外星飛船墜毀的事實，以便修復它並恢復對地球環境造成的破壞。一個統一的政府成立了。地球聯盟將其改造成了一艘全長1200公尺的超大型戰艦，名為「Makras」（德文「偉大宇宙」的意思）。在此期間，人類經歷了聯邦黨陣營和聯邦黨民族陣營之間的分裂，馬克羅斯的改革在持續的戰爭中繼續進行。僅僅10年後，在馬可仕號正式發射的當天，月球軌道附近突然偵測到大規模的時空跳躍反應。這時，麥克羅斯號上的主砲自動開火，擊中了出現在月球上的外星艦隊！到了這一步，突然變得這麼尖銳，不激怒敵人才怪……於是聯軍無奈，只能不分時空地投入戰鬥，集中註意力分散敵人的注意力。注意力一名名叫一木的年輕人意外登上了一架聯軍戰鬥機並加入了戰鬥。他是...