幾年前，人類利用超級戰艦太空飛行號在南極擊敗了哥吉拉，並將哥吉拉封印在地下。但除了哥吉拉之外，地球上還有很多其他怪物守護著人類的城市。於是，人類創造了「地球防衛隊」來對抗各種怪物的入侵。地球國防部最強大的成員是封印了哥吉拉和他的隊長「道格拉斯·戈登上校」的「獵人」。另外，為了因應怪物帶給人類的問題，地球保護部專門挑選了具有特殊能力的人。這些“超人”擁有正常人類所沒有的“M染色體”，所以這些人類可以非常強大。超人的身體能力和應對怪物攻擊的敏捷性。其中最主要的是大崎新一少尉。很久以前，一個巨大怪物的遺骸被挖掘出來，而這個怪物同時具有機械和生物本質，人們懷疑一種能夠將生物和機械結合在一起的怪物一定來自於外太空。很快，尾崎新一就收到了寶貝島「小美女」的警告。這個怪物就是“Kiken”，後來被“Mothra”封印了。凱根的出現預示著人類的危機。凱發現後不久，世界各地的怪物突然同時襲擊，讓地球防衛部一時間忙得不可開交。但突然，一架神秘的飛機出現，帶走了所有這些怪物。這些外星訪客稱自己為“X行星”，並聲稱自己是人類的朋友，想要與人類結盟，還有一顆巨大的星球即將攻擊地球。然而，在大崎新一、道格拉斯等人的調查過程中，他們發現並沒有神祕的行星與地球相撞。而這些怪物大多是入侵地球的外星人釋放出來的。 X星球基本上就是想把人類當食物。隨著外星人的真實身份被揭露，外星人擁有令人難以置信的超能力和聽從外星人命令的巨型怪物。地球的防禦終於被摧毀，只剩下了洪天。這次，道格拉斯想出了一個大膽的計劃，解開哥吉拉在南極的封印，讓代表地球上最強大怪物的哥吉拉去面對這些外星入侵者…