這些事件發生在東京八丈島海岸外，那裡正在建造“太平洋男孩”海洋綜合體，與來自世界各地的警方監控攝像頭相連。在該設施正式開放之前，來自世界各地的 IT 工程師都在現場與歐洲刑警組織進行互動。與此同時，一項使用面部識別的“新技術”正在測試中…… 另一方面，柯南和一隊少年偵探應園子的邀請來到八丈島看鯨魚。與此同時，柯南接到衝谷青（赤井秀一飾）的電話，得知任在德國殺害了一名歐洲刑警組織僱員。為了調查真相，柯南潛入了黑田平的巡邏艇和其他在環太平洋執勤的警視廳，潛入了設施。緊接著，就在系統上線準備工作進展順利的時候，一件事發生了——一名女工程師被黑衣組織綁架，她手上還有一些數據的U盤也陷入了黑暗之中。手海中傳來一陣可怕的螺旋槳聲。就在這時，一道黑影正悄悄靠近海地洲島上的海元瞳。