在席捲世界的“第二次沖擊”災難之後，他決定聽從父親的指示。就這樣，未經訓練的武士真嗣，和不知名的綾波麗，都是父親的殘酷命令：駕駛一個名為“EVA”的巨大人形機器人與使徒戰鬥。已經表示反對的真嗣在元碇的指揮下將他帶到了NERV總部。但為了會見真嗣，NERV間諜中心的美里合生救下了真嗣，還有德國飛行員蒼龍明日香蘭利，據他所說，一個名為“人造計劃”的神秘項目正在進行中。 ，在看到重傷的後備司機綾波麗之後，他看到了一個名為“使徒”的巨大生物在交火和軍隊。悲劇發生後，一名 14 歲的男孩不得不面對無法控制的挑戰。而碇元都則靜靜的看著一切，準備駕駛第一台EVA機來面對使徒。隨著使徒的到來，地球被重建為廢墟。新東京市 3 的 14 歲男孩碇真司以他的父親碇本都的名字命名。我以為我會看到他父親向他打招呼